Ölümcül Oyuncaklar: Kemikler Şehri filmini izlerken Clary Fray, annesinin gizemli kayboluşuyla karşı karşıya kalır ve iblislerle dolu tehlikeli bir dünyada savaşan bir savaşçı soyundan geldiğini keşfeder. Diğer güçlü kişilerle bir araya gelerek Shadow World adındaki alternatif ve tehlikeli New York’a karşı birlikte mücadele eder.